Alain MONTAGNIER a d’abord exercé en cabinet d’expertise comptable à Orléans, avant de rejoindre le groupe de protection sociale HUMANIS (anciennement NOVALIS), où, pendant 15 ans, il a occupé des fonctions opérationnelles, puis de direction, au sein des pôles comptabilité, finance & fiscalité. Il a notamment assuré, à cette occasion, la gestion complète des 300 M€ de trésorerie court terme de l’entreprise.
En 2007, Alain MONTAGNIER crée une activité de Conseil indépendante, avant de rejoindre, en 2012, les équipes d’Alcyone.